2009年11月10日，沙头角出入境检验检疫局局长陈小英带队，在深圳华大基因研究院副院长李松岗的陪同下访问华大基因。座谈会上，双方相关负责人员就国外样品试剂进出口的事宜进行了沟通交流，陈小英局长表示将一如既往地大力支持华大基因样品试剂进出口等相关工作。

2009年11月7日，中共中央组织部人才局副局长宋永华、中共中央组织部处长张栋、广东省委组织部处长何永山、深圳市委组织部副部长王京东、深圳市委组织部处长王锦侠在深圳市盐田区常委组织部部长刘卫翔、深圳市盐田区贸易工业局局长陈高原及深圳华大基因研究院院长汪建、副院长王俊的陪同下，视察了华大基因，宋永华副局长一行认真听取了华大基因关于人才培养及教育创新模式的汇报，高度肯定了华大基因在人才培养及教育上的创新探索。

2009年11月6日上午，香港中文大学校长刘遵义、校董会前主席郑维健、协理副校长徐扬生、香港中文大学深圳研究院首席代表姚侃，以及深圳市政府市长科技顾问、党组副书记刘应力等一行访问华大基因，就香港中文大学和华大基因双方合作进行了交流。

2009年11月1日，著名的《自然-遗传学》（Nature Genetics）杂志在线发表了世界第一个蔬菜作物的基因组测序和分析的重要论文。这是由我国科学家发起和主导的国际黄瓜基因组计划第一阶段所取得的重大成果，对黄瓜和其它瓜类作物的遗传改良、基础生物学研究、以及对植物维管束系统的功能和进化研究将发挥重要的推动作用。 《自然-遗传学》是《自然》系列杂志之一，发表国际遗传学研究的最新发现和重大成果，2008年影响因子为30（Nature为31，Science为28）。黄瓜基因组论文是该杂志至今为止发表的为数不多的植物学论文之一。 国际黄瓜基因组计划是由中国农业科学院蔬菜花卉研究所于2007年初发起并组织，由深圳华大基因研究院承担基因组测序和组装等技术工作。参与单位包括中国农大、北京师大、美国康乃尔大学、威斯康星大学和加州大学戴维斯分校、荷兰瓦赫宁根大学以及澳大利亚多态性芯片技术中心。这是由我国发起的第一个多边合作的大型植物基因组计划，也为我国如何作为崛起中的大国如何发起和领导重大国际合作项目提供很好的范例。 园艺产业是我国农业的支柱产业，总产值超过9000亿元，吸纳了约1.5亿农村劳动力。但是，我国的园艺作物基础研究薄弱，缺乏培育优良品种所需的基因组学知识基础和分子育种工具。为了加强园艺基础研究，推动园艺产业从数量扩张型到质量提高型的转变，2007年初中国农科院蔬菜花卉所毅然决定自筹1200万元，发起国际黄瓜基因组计划。此计划得到了农业部的高度重视，“948”项目连续3年支持该项目的实施。科技部、财政部、国家自然科学基金委也提供了经费和条件支持。此外，深圳市政府和企业家生态学会也对深圳华大提供了条件支持。 黄瓜基因组共有约3.5亿个碱基对。项目采用了新一代测序技术，自主开发了一套全新的序列拼接软件，成功地以较低的成本绘制了黄瓜基因组的精细图。这一套测序策略已经成为了其它植物基因组测序的模式。 在黄瓜基因组中共发现了26,682个基因。项目创建了包含1800个分子标记的高密度遗传图谱，把基因组的20000多个基因定位在染色体上，这给重要经济性状基因的克隆带来了极大的便利。目前已经发现了与黄瓜产量、品质、抗病性等重要农艺性状相关的候选基因300多个，已经克隆了与产量相关的性别决定基因（和上海交大合作）、苦味基因和抗黑星病基因，为这些重要性状的分子育种提供了快捷准确的工具。 黄瓜有7条染色体，而甜瓜有12条染色体。本研究表明：黄瓜7条染色体中的5条是由甜瓜的12条染色体中的10条两两融合而成的，这一发现解决了葫芦科染色体进化上一个多年未解的难题。在基因区域，黄瓜和甜瓜有95％的相似性，和西瓜也有超过90％的相似性。我国瓜类作物的栽培面积在4000万亩以上，黄瓜的基因组序列将推动所有瓜类作物的生物学研究和遗传育种。 植物的维管束系统相当与人体的血管，是植物营养运输和长距离信号传导的主要通道。黄瓜是维管束研究的模式系统。黄瓜基因组研究首次揭示了800个与维管束功能相关的基因，并且发现它们所在的基因家族在低等植物向高等植物进化的过程中得到了扩增。 在基因组测序完成的基础上，国际黄瓜基因组计划进入下一个阶段，将系统地研究黄瓜种质资源的遗传多样性和黄瓜基因表达及调控的特性，将克隆主要的经济性状基因，开发廉价快捷的分子育种工具，推动基因组的研究成果直接应用到优良新品种的培育上。 相关链接： The genome of the cucumber, Cucumis sativus L.

2009年10月31日下午，南方科技大学校长、中国科学院院士朱清时、处长韩蔚一行在深圳华大基因研究院院长汪建、人力资源与教育中心杨国华等的陪同下参观了深圳华大基因研究院，双方就本科生人才培养、研究生人才培养达成初步合作计划，并就科研合作提出若干建议性方案。

2009年10月27日下午，《华大讲坛》十三期在深圳华大基因研究院四楼圆厅举行。墨西哥国际玉米小麦改良中心、生物技术应用中心主任、玉米分子育种家和资深科学家徐云碧博士做客《华大讲坛》。徐云碧博士为大家作了主题为“A roadmap from the genomics revolution to a new era in public plant”的演讲。

2009年10月26日下午，盐田区常务副区长龙岳华、副区长乔恒利一行莅临华大基因现场办公。区领导认真听取了华大基因的汇报及近期亟需解决的若干问题，并就这些问题进行了深入探讨，提出了相应的解决方案。

2009年10月26日下午，北京林业大学副校长张启翔、国家花卉工程技术研究中心副主任程唐仁等一行在植物基因组与分子育种部总监王军一的陪同下参观访问了深圳华大基因研究院。

2009年10月23日, 深圳华大基因研究院高性能计算中心方案专家评审会在深圳华大基因研究院召开。高性能能计算相关各方专家对深圳华大基因研究院高性能计算中心方案进行了评审。各位专家们认真听取了深圳华大基因研究院的方案汇报并考查了现场后，通过了研究院建设一个高计算能力及存储能力计算中心的方案，认为该计算中心的建立同时可作为未来深圳千万亿次超算中心的数据预处理计算中心。